引言
尽管抗生素在VAP的治疗中取得了进步，同时VAP的预防策略也多种多样，但VAP仍有较高的发病率和死亡率。多种病原体与VAP的发生相关，大多数情况下，VAP患者需要气管插管，更易获得支气管肺泡灌洗液（BALF）进行病原学诊断。近期，中国科学医院（医院）ICU科潘爱*教授团队（房晓伟为一作）在中科院2区期刊《FrontiersinMicrobiology》??(IF=4.）发表了一篇临床研究文章，比较了常规检测和mNGS方法在VAP患者BALF样本中的病原诊断性能，指出使用BALF进行mNGS检测可提高VAP患者细菌感染诊断的敏感性和特异性，同时mNGS在检测病*和识别混合感染方面也呈现出明显的优势。
研究方法
回顾性分析年8月至年5月在中国医院ICU病房的VAP患者，入组标准为：
①机械通气（48h），且符合美国胸科学会推荐VAP诊断标准；
②所有患者经支气管取得BALF；
③均采用mNGS法和传统方法检测病原菌；
④传统检测方法至少包括细菌、真菌的涂片和培养；六胺银染色和抗酸染色；Tspot和Xpert用于结核诊断；
⑤在BALF采集之前或之后的24小时内检测血常规和炎症标记物，包括CRP、PCT、G实验和GM实验。
最终共纳入72例满足要求的患者入组，取BALF样本进行常规检测和mNGS测序，mNGS测序在华大BGI平台上进行，入组流程如图1所示。
图1 入组流程图
mNGS阳性判定标准
①传统方法学阴性，但mNGS检测到病原体的属水平的相对丰度＞30%；
②传统检测方法和mNGS检测到了相同病原，且mNGS测到该病原的reads＞50条；
③仅用mNGS鉴定出病原体，则认为它们是可能的潜在病原体；
④mNGS检测到结核分枝杆菌的1条reads定义为结核阳性；
研究结果
1.mNGS和传统方法检测病原体的比较
mNGS检测到病原体的频次（细菌，真菌，病*）如图2所示；mNGS和传统检测方法检测到的细菌及真菌对比如图3示。
结果显示：
细菌检测方面，mNGS的阳性检出率显著高于传统检测方法(OR,4.33;95%CI,1.78–10.53;P?0.)；
真菌检测方面，两种检测方法没有显著差异，(OR,1.42;95%CI,0.68–2.97;p=?0.46)。
图2?mNGS技术检测细菌（A）、真菌（B）和病*（C）的频次图。
图3?mNGS和传统方法检测细菌，真菌对比图
2.?mNGS和传统方法诊断性能比较
mNGS在55例患者中检测到细菌，而传统方法在34例患者中检测到细菌；mNGS对细菌诊断灵敏度，特异性，PPV和NPV分别为：97.1％(95%CI,93.2–.0%)，42.1％(95CI%,30.7–53.5%)，60.0％(95%CI,48.7–71.3%)和94.1％(95%CI,88.7–99.6%)。
两种方法检测到真菌均为32例，mNGS对真菌诊断灵敏度，特异性，PPV和NPV分别为：71.9％(95%CI,61.5–82.3%)，77.5％(95%CI,67.9–87.1%)，71.9％(95%CI,61.5–82.3%)和77.5％。(95%CI,67.9–87.1%)。
3.?传统方法阴性的样本中mNGS检出病原体的情况
传统方法在38例患者中未检测到细菌，其中16例患者mNGS未检测到细菌或属于非特异性结果，22例患者的mNGS检测获得了阳性结果。
对于真菌检测，40例传统方法检测阴性的患者中，9例患者的mNGS检测结果为阳性，且9名患者中大多数接受了免疫抑制治疗。
4.?mNGS与传统方法阳性一致性
mNGS检测到的丰度最高的细菌在26个患者中也通过传统方法得到了验证。3例患者中传统方法检测到的细菌不是mNGS结果中丰度最高的病原体。此外，2例患者传统方法在BALF中检出两种细菌，而mNGS仅检测出一种。
在32例传统方法真菌阳性患者中，mNGS在9个患者中检出阴性或非特异性结果，传统方法和mNGS在21例患者中真菌检测结果是一致的。
5.?mNGS和传统方法在混合感染中的诊断性能
mNGS方法诊断出40例（55.6％）混合感染，再结合传统检测方法，诊断出混合感染患者42例（58.3％），如图4所示。
图4?混合感染患者分布图
结论
①mNGS在细菌检测方面比传统方法灵敏度更高
入组的VAP患者中mNGS更容易检测到鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌和纹状体棒状杆菌，?并且mNGS对细菌检测的敏感性和NPV分别高达97.1%和94.1%，远高于传统方法。因此ICU患者中，mNGS可作为细菌感染的常规诊断工具。
②mNGS在检测病*和识别混合感染方面有明显优势
mNGS一次可无偏性检测上万种病原包括细菌，真菌和病*等，入组VAP患者经mNGS和传统方法检测后，发现混合感染的比例高于之前的预想。PCR检测病*种类有限，mNGS检出29例患者合并病*感染（除1例认为EB病*处于潜伏状态）。13例患者细菌合并真菌感染，因此mNGS有助于临床医生识别ICU患者的肺部混合感染并作出合理的治疗决定。
③mNGS结果需要结合临床来解读
mNGS结果的临床解读目前没有统一的标准，细菌（细胞壁较薄）和真菌（细胞壁较厚）检出reads差异较大，需要临床医生结合临床症状，传统检测方法，组织病理学检测方法等综合判断。
参考文献
published:01December?
doi:10./fmicb..
作者：朱仰艳、谢俊
校审：孙经梦
编辑：赵晓晶
唯菌论
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