上个月，我们发现一个新的现象，个体户业主、个独投资人、合伙企业合伙人，我们统称“个税经营所得的投资人”，在申报工资薪金的时候系统会提示：纳税人为当前单位投资人，不得在本单位申报正常工资薪金，那应该如何处理投资人领取的“工资”呢？
先来说说个体户业主、个人独资企业投资人以及合伙企业的个人合伙人领取的“工资”到底按什么申报？
根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》“第六条个人所得税法规定的各项个人所得的范围：（五）经营所得，是指：个体工商户从事生产、经营活动取得的所得，个人独资企业投资人、合伙企业的个人合伙人来源于境内注册的个人独资企业、合伙企业生产、经营的所得；”即个人独资企业投资人、合伙企业合伙人来源于该企业的所有所得都应该视为“生产经营所得”。
我们可以这么理解，支付给投资方的工资，实际为投资方提前预支的经营所得，再从个人所得税的角度来看，这笔工资薪金是属于业主或投资方本人发给自己的，作为同一个人的同一笔收入，不可能既是工资薪金所得又是经营所得，我们再结合上面的文件，因此作为工资薪金所得来申报显然是不合适的，应该按经营所得申报计算税款。
所以说，个人所得税申报系统设置提示，主要目的是为了避免重复缴纳个人所得税，是为了规避纳税人风险。
但许多人不理解，认为这是新生事物对纳税人不利，都在网上写文章提异议，于是税务局干脆又把权限放开了，允许申报了，我估计税务局心态是这样的，本来想做好事帮助纳税人减轻税负规避风险的，结果没做成好事又被迫变回来了，多少有点郁闷，一知半解的专家害死人啊。
那么投资人或个人合伙人的“工资”已入成本费用，到底该如何申报？
有不少人会问，既然这部分“工资”应该按经营所得申报计算税款，但是账面上已经做进成本费用扣除，是不是这部分税款就漏掉了？
显然这是不会的，账面你可以正常列支成本费用，但是计算企业经营所得的时候，这部分“工资”会纳税调增，纳税调增后这部分经营所得就交税了，税法也有相关的文件规定：
根据财政部国家税务总局关于印发《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》的通知（财税〔〕91号）第六条规定，投资者的工资不得在税前扣除。
根据国家税务总局令第35号《个体工商户个人所得税计税办法》规定，个体工商户实际支付给从业人员的、合理的工资薪金支出，准予扣除。
个体工商户业主的费用扣除标准，依照相关法律、法规和政策规定执行。个体工商户业主的工资薪金支出不得税前扣除。
由此可见，即使合伙人按照工资薪金申报了个税，其工资薪金也不得税前扣除，汇缴时要调增，因此合伙人申报工资薪金会导致重复征税。
经测试，现在系统里面合伙人仍然是可以按照工薪申报个税的，只是我们建议大家零申报，因为合伙人如果申报了工薪个税，将导致重复征税。
后续经营所得个税该怎么计算？
经营所得的计税对象为个人经营的净收入，所以公式如下：
经营所得个税=（收入总额-成本-费用-损失）*税率-速算扣除数
1、在年之前，如果纳税人当年没有综合所得，可以另外减去元/年的减除费用、专项扣除、专项附加扣除及其他扣除。政策文件如下：
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（国令第号）第十五条第二款规定：“取得经营所得的个人，没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。专项附加扣除在办理汇算清缴时减除。”
2、年之后发生变化，《国家税务总局关于办理年度个人所得税综合所得汇算清缴事项的公告》（国家税务总局公告年第1号）（以下简称“1号公告”）在第四点可享受的税前扣除中规定：“同时取得综合所得和经营所得的纳税人，可在综合所得或经营所得中申报减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除，但不得重复申报减除。”
1号公告主要细化了个人所得税法实施条例的规定，因此，当纳税人既有综合所得，又有经营所得时，四项扣除可在综合所得或经营所得中申报扣除，只要不重复申报即可。
一些思考：现行纳税调整顺序的不足之处
现行合伙企业计算应纳税所得额的过程是，每年先做好合伙企业会计报表，然后在利润表利润总额基础之上，将所有合伙人工资纳税调增，得出应纳税所得额，再按照比例分配给各合伙人。
假设某合伙企业利润总额0万，有甲乙两个合伙人，各50%，该合伙企业给甲发了万的工资，调增后的应纳税所得额是万，甲乙应纳税所得额都是50万。
此时就会非常不公平，甲拿了万，税负是按照50万的应纳税所得额计算的；乙因为没有利润，分不到钱，也要按照50万的应纳税所得额交税。
这就带来不公平，当然了，如果各合伙人是按照比例来发工资的，实际税负与分的利润还是匹配的。
更合理的做法是，在利润总额基础之上，先纳税调整其他的会税差异，得出未调整工资之前的应纳税所得额，分配给合伙人，然后各合伙人将自己拿到的工资纳税调增，得出自己的应纳税所得额。
比如上述案例中，利润总额为0，假设除合伙人工资外没有其他会税差异，因此未调整工资的应纳税所得额也是0；
分配给甲0元，甲将其万工资纳税调增，甲应纳税所得额万；
分配给乙0元，乙没发工资，因此不再纳税调增，乙应纳税所得额0万；
这样调整后结果，是税负和利润匹配。
经与税务机关相关人员沟通了解，《个人所得税经营所得纳税申报表》原系用于单一投资人的个体工商户、个人独资企业申报，对于合伙企业的合伙人而言有失公平，目前国税总局已在考虑相关调整事项。