土地增值税是我国唯一采用的超率累进税率，总体计算思路分五步进行。
一、计算不含税收入
不含税收入=含税收入/（1+增值税税率）采用简易计税方法税率为5%，采用一般计税方法适用9%税率。
二、计算扣除项目
允许扣除项目主要包括地价款、开发成本、开发费用、其他税费和加计扣除。
（一）计算获取土地使用权成本（地价款）
分为政府的土地使用权出让金和二级市场的土地使用权转让金，同时也包括缴纳的契税。用公式表达：
地价款=土地使用权出让金/转让金+契税
（二）计算土地开发成本
土地开发成本包括耕地占用税、土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费等。
（三）计算土地开发费用
主要包括销售费用、管理费用和财务费用。该项扣除费用两种扣除方式：
1.按同期银行贷款利率计算土地开发贷款所支付的利息+（地价+开发成本）*5%
2.（地价+开发成本）*10%
账簿完善且能准确划分利息支出提供完整凭据，可选择第一种方法，否则只能应用第二种方法扣除，使用自有资金，也可适用第二种方法扣除。
（四）计算产生的其他费用
主要是缴纳增值税而相应缴纳的税上税，城市建设费、教育费及教育费附加，如果是转卖存量房，还涉及印花税。
（五）加计扣除
此项扣除仅适用房地产开发企业，加计扣除金额为：
（地价+开发成本）*20%
三、计算增值额
增值额=一减二=不含税收入-扣除项目费用
四、计算增值率
增值率=增值额/扣除项目费用
五、根据增值率查找超率累进税率表，计算应纳土地增值税
应纳土地增值税=增值额*税率-扣除项目费用*速算扣除系数